Affecté par un divorce douloureux, John James décide de venir habiter seul avec ses deux enfants dans une ferme. Rapidement, il va remarquer le comportement étrange de sa fille. Il suspecte les sépultures, dans le champ tout proche, d'en être la cause.
Espagne, 1944. Ofélia s'installe avec sa mère dans une garnison dirigée par Vidal, son beau-père, capitaine autoritaire de l'armée franquiste. Près de la grande maison familiale, la jeune fille découvre un étrange labyrinthe gardé par une créature nommée Pan. Le monstre lui révèle qu'elle n'est autre que la princesse disparue d'un royaume enchanté. Afin de découvrir la vérité, Ofélia devra se soumettre à trois épreuves que rien ne l'a préparée à affronter...
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