Apophis et la belle Hathor lancent leurs armées à la poursuite de SG1. Mais dans cette saison 2, l'humanité rencontre aussi des amis - notamment Thor de la race surpuissante des Asgard. Ils découvrent aussi que des Goa'uld résistants nommés Tok'ra pourraient devenir des alliés stratégiques...
La saison 3 commence avec les Goa'uld prêts à envahir la Terre. Thor et la diplomatie des Asgard jouent un rôle clé pour la survie de l'humanité. Et quelques épisodes plus tard, ce sera SG1 à voler au secours de Thor, qui doit faire face à un nouvel ennemi : les réplicateurs !
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