Suite à une mission déplorable à Shanghaï, Sydney est accusée d'avoir violé le protocole à plusieurs reprises. Son supérieur, la Directrice Chase, estime que le comportement de la jeune espionne met en péril la CIA. Elle décide alors de transférer Sydney en Virginie, au service du courrier... De son côté, Vaughn n'est plus en service depuis qu'il a mis le feu à sa maison pour faire table rase sur les terribles événements de l'année écoulée, et surtout la mort de Lauren...
Alors qu'il s'apprête à faire d'importantes révélations à la femme de sa vie, Michael Vaughn et Sydney Bristow ont un accident de voiture. Lorsque Sydney reprend connaissance, des inconnus ont enlevé Vaughn. Suite à cette disparition et à la prophétie de Rambaldi qui revient au coeur des préoccupations de la CIA, deux nouveaux agents sont engagés : Thomas Grace et Rachel Gibson. De son côté, pour retrouver Vaughn, Sydney fait équipe avec Renée Rienne, une fugitive recherchée par la CIA, mais surtout, depuis plusieurs années une proche collaboratrice de Vaughn...
Dans cette troisième saison, Sydney réintègre la CIA après avoir disparu pendant 2 ans. Beaucoup de choses ont changé pendant son absence : Vaugh s'est marié et a quitté la CIA, Jack Bristow a été emprisonné par le Conseil National de Sécurité, Dixon est le nouveau patron de la CIA, Sloane a obtenu le pardon de la CIA après avoir livré des informations qui ont permis le démantèlement d'un grand nombre de cellules terroristes , il dirige désormais une organisation caritative... Mais un nouveau groupe terroriste menace la sécurité du monde : le Covenant, qui se passionne à son tour pour les inventions de Rambaldi. Sydney n'est donc pas au bout des ses surprises...
L'agent double Sydney Bristow relève les plus grands défis quand sa mère, une ennemie de longue date, se range du côté de la CIA. Alors que les relations familiales évoluent et que les amis de Sydney prennent une nouvelle importance, sa vie devient encore plus compliquée et dangereuse...
Etudiante le jour, Sydney Bristow est aussi une jeune espionne qui croit travailler pour une branche secrète de la CIA, le SD6. Mais quand Daniel, son fiancé, est assassiné après qu'elle lui ait avoué ses véritables activités, Sydney réalise que le SD6 oeuvre en fait contre les intérêts américains. Elle offre alors ses services à la vraie CIA, devenant par la même 'agent double', tout comme son père...
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