Japon, 1545. Les conflits entre les seigneurs de la guerre font rage. Chacun emploie des ninjas spécialisés dans l'espionnage et le meurtre. Le clan des Ninjas de l'Ombre, qui maîtrisent le Ninjutsu, est l'un des plus puissants. Depuis des générations, ils agissent dans l'ombre pour favoriser la paix dans le pays. Les 3 derniers représentants de l'Ombre sont envoyés enquêter sur une arme secrète au château des Kyogoku...
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