La reine Gedren fait régner la terreur dans le royaume. Son armée brûle, pille tout sur son passage et égorge les parents de Sonja sous ses yeux. La jeune fille décide de se venger. En chemin, elle rencontre Kalidor, guerrier invincible, qui lui sauvera la vie à maintes reprises...
Les quatre héros en carapace se trouvent confrontés au maléfique clan des 'Foot' et à leur terrible chef Shredder qui est en possession d'un gel radioactif qui lui permet de créer de féroces mutants. Avec l'aide de April O'Neil, du professeur Jordan Perry et de Keno, le livreur de pizzas, les Tortues Ninjas vont relever le défi et affronter Shredder et son clan dans un combat sans merci !
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