Année 2199. L'humanité vit ses derniers jours. La puissante flotte de la planète Gamilas envoie des astéroïdes radioactifs s'abattre sans relâche sur la surface de la Terre, la rendant inhabitable. Les survivants se sont réfugiés dans de vastes cités souterraines, mais les radiations s'enfoncent toujours plus profond, et il n'y aura bientôt plus de refuge possible pour l'espèce humaine.Le vaisseau spatial Yamato est le dernier espoir pour retrouver une machine de décontamination qui pourrait sauver la Terre du triste sort qui l'attend.
Pour retrouver la trace de sa fiancée Xiu Xiu partie au Japon, Tietou quitte la Chine avec un groupe d'immigrants clandestins. A Tokyo, il trouve refuge auprès de la communauté chinoise qui vit de petites combines pour s'en sortir.
Tsuda Yoshiharu est un salaryman a l'existence artificielle et aseptisée dans une grande entreprise de Tokyo. Il mène une vie réglée et sans histoire dans un immeuble moderne du centre-ville avec sa petite amie Hisaru...
Japon, 1545. Les conflits entre les seigneurs de la guerre font rage. Chacun emploie des ninjas spécialisés dans l'espionnage et le meurtre. Le clan des Ninjas de l'Ombre, qui maîtrisent le Ninjutsu, est l'un des plus puissants. Depuis des générations, ils agissent dans l'ombre pour favoriser la paix dans le pays. Les 3 derniers représentants de l'Ombre sont envoyés enquêter sur une arme secrète au château des Kyogoku...
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