Sur une Terre ravagée par la folie des hommes durant les 'sept jours de feu', une poignée d'humains a réussi à survivre dans une vallée protégée par le vent. Ce peuple agricole est pourtant menacé par une forêt toxique qui ne cesse de prendre de l'ampleur, forêt où seuls survivent des insectes géants et mutants. Ces quelques survivants voient un jour leur roi bien aimé assassiné et leur princesse Nausicaä faite prisonnière. Or cette dernière, sensible à la nature et à l'écosystème, est seule capable de communiquer avec les mutants...
Deux petites filles, Mei et Satsuki, quittent la ville pour s'installer à la campagne avec leur père. Tout les émerveille : la nature, les animaux... et leurs nouveaux voisins... Elles découvrent en effet l'existence de créatures merveilleuses, les Totoro, drôles de personnages au ventre rebondi. Accompagnées de ces gardiens de la forêt, elles vont découvrir des passages secrets dans des arbres géants, voyager en 'Chat-Bus' et faire pousser des graines magiques...
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