Vous pensiez connaître les Pingouins de Madagascar ? Pourtant, les quatre frères cachent un lourd secret. Ils sont en fait... agents secrets ! Pour sauver le monde du terrible Docteur Octavius, les pingouins devront s'associer à la très chic organisation de la North Wind menée par le superbe husky au nom classé secret.
Barry Bee Benson n'est pas une abeille ordinaire : tout juste diplomé, il se désole de n'avoir qu'une seule perspective d'avenir, Honex, la fabrique de miel... Lors de sa première sortie de la ruche, il brise une des lois les plus importantes des abeilles : parler à un être humain ! Il se rend alors compte que tout le miel des abeilles est volé par les hommes. Il entreprend donc de dénoncer l'exploitation de ses semblables, et d'intenter un procès à l'espèce humaine...
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